与此同时,UFO的业余研究者也开始出现。到1950年,已有关于UFO的通俗读物上市。在1949年下半年,当时很流行的一份男性通俗杂志《真实》(True)约请一位海军陆战队的退役少校唐纳德·基侯(Donald E. Keyhoe)写一篇关于飞碟的研究文章。1950年1月,《真实》发表了这篇题为《飞碟是真的》的文章,引起轰动。在文章中,基侯声称飞碟是来自太空的飞行器,但是他并没有出示任何证据,而是根据一个奇怪的逻辑:因为他所接触到的美国空军的高层人士都不愿谈论UFO。他争辩说,美国军方避而不谈UFO,一定是因为想要掩盖某种极为重要的事情,而还有什么是比UFO是真的,而且来自外星人更重要的?美国军方想要掩盖真相,是因为担心公众一旦知道飞碟是外星人的飞行器,会引起恐慌。一旦基侯抱定了阴谋论的立场,那么美国军方对UFO的任何解释或否认,就都被当成了军方试图掩盖真相、飞碟是真的新证据。这篇文章,标志着UFO业余研究者与美国政府为敌的开端。
但是这个审查是从军事角度进行的,并不排除对某些UFO现象做更仔细的研究,可能具有科学价值。因此,该委员会建议从大学聘请一批自然科学家和心理YS选择某些UFO报告做更仔细的调查。在国会听证会后不久,美国空军宣布他们将资助某个大学独立地研究UFO现象,看是否能发现其中有任何科学价值,能增加新的科学知识。美国空军保证研究人员可以完全自由地使用蓝皮书计划的资料和提供帮助。但是美国的名牌大学,包括哈佛大学、麻省理工学院和加州大学伯克利分校,都拒绝接受这个研究项目。这一年的10月,科罗拉多大学宣布接受这个项目,主持人为物理学家爱德华·堪顿(Edward U. Condon)。1969年,科罗拉多大学出版了《不明飞行物的科学研究的最后报告》,一般称为“堪顿报告”。
堪顿报告由36名多个领域的专家参与写作,长达1465页,从视觉生理学、光学、天文学、气象学、心理学、工程学等角度对UFO目击描述、照片和雷达记录做了充分的分析,并实地调查、采访目击者。例如,从视觉生理的角度,它指出,人的视觉并非总是可靠的,在特定的情况下很容易不知不觉地产生错觉,最常见的问题是对物体的距离和大小做出了错误的判断,近处的小物体可能被当成远处的大物体。另一类视觉问题是眼睛对光线的适应性,例如,如果人们在黑暗中盯着明亮的光源看,在光源熄灭后,由于视网膜未能及时适应光线变化,观察者还会继续看到光源的余像,虽然较不明亮和模糊,但会持续一段时间再逐渐消失。在观察者移动眼睛时,余像也会跟着移动,这时观察者就会误以为有一个物体在前方以极快的速度移动。余像的问题无疑导致有些人误以为见到了UFO。自动运动是视觉的另一个问题。如果人们盯着一个没有参照物的明亮光源,例如一颗孤独的明星,它即使是静止的,也会让人觉得是在移动。这也导致了某些UFO报告。照片虽然不会产生类似的错觉,却有别的问题:容易伪造,以及因光学和机械因素产生的假象。雷达记录也不像一般人设想的那么可靠,因为气候因素和机械设备失灵也会产生假记录。从心理学的角度看,人们在讲述自己的经历时,为了吸引听者的兴趣,容易无意之中加以夸大,叙述的次数越多,越不可靠;在一群人同时目击一个现象之后,在议论时会互相影响,不知不觉地修正自己原有的看法,最后会形成一种共识,也就是说,即使是诚实的人,甚至是一群诚实的人的一致描述,也不一定可靠。总之,堪顿报告的研究结果,和主流科学界的看法是一致的,除了捏造的报告之外,在有充足的信息时,UFO都有合理的自然解释,属于天文现象(大行星、流星、彗星等)、气象现象(碟状的云彩、球状闪电、云层折射产生的光学假像等)、人类飞行器(气象气球、飞机、人造卫星等)和其他自然现象(鸟群、灯光等)。堪顿报告的结论是:对我们所获得的资料进行仔细考虑之后,我们的结论是,对UFO做更广泛的进一步研究,很可能不会满足科学会因此获得进步的期望。